The following destinations have been served directly from/to Pattimura Ambon Airport:

Airlines
Destinations
Airfast Indonesia Charter: Manado
Aviastar Banda, Namlea, Namrole
Batik Air Jakarta—Halim Perdanakusuma, Jakarta—Soekarno—Hatta, Makassar, Surabaya
Citilink Makassar
Dimonim Air Moa
Garuda Indonesia Jakarta—Soekarno—Hatta, Makassar
Garuda Indonesia Bau-Bau, Kaimana, Langgur, Saumlaki, Sorong, Ternate, Surabaya
operated by Explore and Explore Jet
Lion Air Jakarta—Soekarno—Hatta, Makassar
NAM Air Sorong, Ternate
Susi Air Banda, Namlea
Sriwijaya Air Ternate
Trigana Air Service Dobo, Langgur, Moa, Namrole, Saumlaki
Wings Air Dobo, Fakfak, Kaimana, Kendari, Labuha, Langgur, Manado, Manokwari, Nabire, Namlea, Sorong, Saumlaki